El pueblo de El Paisnal es evidentemente de fundación muy anterior al advenimiento del cristianismo en el siglo XVI y en los tiempos gentiles, fue una especie de ciudadela fortificada por los cuzcatlecos y destinada a vigilar los movimientos militares de los chortis ultralempinos de Tejutla, Citalá y Chicunhuexo (hoy Nueva Concepción).

Su nombre indígena se relaciona íntimamente con el del Dios Paynal o Paynalón, que en idioma nauta significa “corredor ágil” y que en el panteón azteco o mexicano figura como una de las poderosas deidades de la guerra, el que seguía en jerarquía a Huitzilopochtli. Otros etimologistas, en cambio no ven en el nombre con el de Dios Paynal o Paynalón, divinidad alrededor de la cual se creó, como parte de la organización político-militar de los yaquis o pipiles de Cuzcatlán, “Un servicio de alerta y alarma –como dice el profesor Jorge Lardé- para precaver a los pueblos de su provincia de las posibles, y a veces frecuentes sorpresas de otros pueblos”.

El primitivo pueblo de El Paisnal se destruyó a raíz de la conquista castellana, pero quedó allí un villorrio insignificante, como testimonio de sus pasadas glorias. El topónimo Paisnal en Nauta significa “Al otro lado de la hierba parásita”. Proviene de las voces: PACHTI: Hierba Parásita y NAL: Al otro lado.

Según datos históricos, el municipio de El Paisnal, era hacia 1868 una aldea y su incorporación en el distrito de Apopa y del departamento de San Salvador, a los que había pertenecido en lo electoral. De igual forma la ley extiende su área jurisdiccional.Años más tarde pasa a formar parte, nuevamente, del distrito de Suchitoto y del departamento de Cuscatlán; por ley del 11 de febrero de 1878 pasa a formar parte del distrito de Apopa y del Departamento de San Salvador en lo judicial, político y electoral. La cabecera del municipio es la Villa de El Paisnal, situada 300 mts. sobre el nivel del mar, a una distancia de 39 km. de San Salvador.

El Paisnal es municipio del distrito de Tonacatepeque desde el 17 de marzo de 1892. se encuentra limitado al norte por el municipio de Nueva Concepción, Chalatenango; al este por el Suchitoto, Cuscatlán y al sur por Aguilares, San Salvador y Quezaltepeque, La Libertad; al Oeste por San Pablo Tacachicho, la Libertad. Se encuentra ubicado entre las coordenadas Geográficas siguiente: 14°03’40’’ LN. (extremo septentrional); 13°56’25’’ LN (Extremo meridional); 89°08’25’’ LWG (extremo oriental) y 89°17’33’’ LWG (extremo occidental)

El Paisnal, fue fundado y formado pueblo en 1868.

En 1770, la Hacienda El Paixnal, pertenecía al curato de San Salvador; en 1807 como cantón, y formó parte del distrito de San Salvador y el 22 de mayo de 1835 del distrito de Suchitoto.

El primero de Abril de 1868 fue erigido pueblo; el primero de febrero de 1869, se incorporó al distrito de Apopa, y el 17 de mayo de 1892, le fueron segregados para anexarlos al pueblo de Aguilares los cantones:

  • La Toma, Las Tunas,
  • Santa Lucía,
  • Pishishapa,
  • Piñalitos,
  • Los Mangos,
  • La Florida y
  • El Llano. 

El primero de febrero de 1973 obtuvo el título de villa y el  21 de septiembre del año 2000 obtiene el titulo de Ciudad.